Menentukan asid amino yang menjadi terminal N bagi rantai peptida adalah berguna kerana dua sebab: untuk membantu susunan serpihan peptida individu ke dalam rantai keseluruhan, dan kerana pusingan pertama degradasi Edman sering tercemar oleh kekotoran, dan oleh itu, tidak tidak memberikan penentuan tepat asid amino terminal N. Kaedah umum untuk analisis asid amino terminal N berikut:

1. Tindak balas peptida dengan reagen yang secara selektif akan melabelkan asid amino terminal.
2. Hidrolisis protein.
3. Tentukan asid amino dengan kromatografi dan perbandingan dengan piawai.

Terdapat banyak reagen berbeza yang boleh digunakan untuk melabelkan asid amino terminal. Kesemuanya bertindak balas dengan kumpulan amina dan oleh itu juga akan terikat kepada kumpulan amina dalam rantai sampingan asid amino seperti lisina - atas sebab ini adalah perlu untuk berhati-hati dalam mentafsir kromatogram untuk memastikan tempat yang betul dipilih. Dua daripada reagen yang lebih biasa ialah reagen Sanger (1-fluoro-2,4-dinitrobenzena) dan terbitan dansil seperti dansil klorida. Fenilisotiosianat, reagen degradasi Edman, juga boleh digunakan. Soalan yang sama digunakan di sini seperti dalam penentuan komposisi asid amino, dengan pengecualian bahawa penanda tidak diperlukan, kerana reagen menghasilkan derivatif berwarna dan hanya analisis kualitatif diperlukan. Dengan itu, asid amino tidak perlu dielusi daripada lajur kromatografi, dan hanya dibandingkan dengan piawai. Pertimbangan lain yang perlu diambil kira ialah, memandangkan mana-mana kumpulan amina akan bertindak balas dengan reagen pelabelan, kromatografi pertukaran ion tidak boleh digunakan, dan kromatografi lapisan nipis atau kromatografi cecair tekanan tinggi harus digunakan sebaliknya.